To Προστατευόμενο Διαμέρισμα είναι μια δομή ψυχοκοινωνικής αποκατάστασης, στην οποία διαμένουν οι τέσσερεις πιο λειτουργικοί από τους ενοίκους του Οικοτροφείου 15 χρόνιων Ψυχικά Ασθενών της Αποστολής, αποτελώντας τον τελικό κρίκο της θεραπείας και κοινωνικής επανένταξης των ασθενών. Το Προστατευόμενο διαμέρισμα λειτουργεί από το 2012 και βρίσκεται στον Πύργο Ορεστιάδας.

Η Ψυχοκοινωνική φροντίδα που παρέχεται στα άτομα που διαμένουν στο προστατευμένο διαμερίσματα έχει σκοπό την επίτευξη της μεγαλύτερης δυνατής ανεξαρτησίας, αυτονομίας και αποτελεσματικότητάς τους, ώστε να λειτουργήσουν στην κοινότητα με επιτυχία και στόχο την πλήρη αυτόνομη διαβίωση.